Los orígenes de la Facultad de Educación se remontan al año 1976, a partir del establecimiento de un convenio de intercambio académico entre la Universidad Autónoma de México (UNAM) y la Universidad de Yucatán (UDY), como parte del programa de descentralización y apoyo a universidades estatales. En este convenio, el Dr. Alberto Rosado y el Ing. Carlos Evia aprovecharon para capacitar a los profesores de la universidad y hacer la planeación de la Universidad de Yucatán; esto dio como resultado que el 15 de enero de 1977 se aprobara la Comisión de Planeación y Fomento de Actividades Académicas, por el H. Consejo Universitario, quedando a cargo el Ing. Carlos Evia.

A través de la Sección de Didáctica e Investigación Educativa, en el año 1979 la universidad ofreció un programa de Especialización en Docencia, con una duración de 325 horas, impartido a los mismos maestros de la Universidad de Yucatán y de otras instituciones.

En el año 1981 el Consejo Universitario autorizó la Maestría en Educación Superior, con el propósito de formar recursos humanos enfocados a la investigación educativa. Esta maestría se creó para maestros dedicados a la investigación, orientación, al servicio de la comunidad o a la administración de instituciones educativas de nivel superior.

Un año más tarde, la comisión de planeación se redefinió como Centro de Desarrollo Universitario mismo que incluía la Escuela de Graduados en Educación; siendo nombrado como director el Ing. Carlos Evia.

En 1984, con el propósito de ofrecer una oportunidad de desarrollo profesional a los maestros universitarios que poseían solo el título de bachiller y que desempeñaban labor docente, la Escuela de Graduados en Educación elaboró un plan de licenciatura con duración de cuatro años, el cual se aprobó el 22 de septiembre de 1984 por el H. Consejo Universitario, este plan se comenzó a impartir el 22 de Octubre del mismo año.

La Escuela de Graduados en Educación se convierte en la Facultad de Educación, por poseer la estructura de recursos humanos y financieros, así como una infraestructura integrada a la Universidad de Yucatán y por poseer los niveles de posgrado y licenciatura.

La Facultad de Educación fue formalizada y certificada en el libro de Actas de Sesiones número 16 del H. Consejo Universitario, en la sesión ordinaria realizada el 31 de Octubre de 1984; este evento es de singular relevancia pues en él se le otorga el nombre de Facultad de Educación y es en ese mismo año cuando se reconoce la autonomía de derecho a la Máxima Casa de Estudios, además de aprobarse un nuevo Estatuto General.

Dentro del plan Institucional 1984-1992, la Universidad Autónoma de Yucatán plantea como objetivos el Desarrollo Profesional y la creación de nuevas licenciaturas y posgrados. Dentro de estos proyectos se establece como estrategias, la promoción y actualización docente, la colaboración con los programas de desarrollo profesional e inicio de nuevos estudios de Licenciatura, Maestría y Especialización.

En el mes de octubre de 1997 empezó el desarrollo de un proyecto para establecer una Unidad fuera de la ciudad de Mérida. En el cual fue seleccionada la zona de Tizimín por la distancia que existe entre la zona y la capital del estado, porque cuenta con un nivel económico adecuado para dar sentido a la inserción de una institución de educación superior; además se encuentra en un área de influencia que permite atender a una gran zona rural para el desarrollo de la misma y elevar las oportunidades que por falta de educación pudieran negárseles. Actualmente, en la Unidad Multidisciplinaria de Tizimín se imparte la Licenciatura en Educación.

Para el año 2004 se actualiza el plan de estudios de la Licenciatura en Educación adecuándola a los nuevos paradigmas educativos y un año después se crea la Licenciatura en Enseñanza del Idioma Inglés. En el año 2005 se actualizan la Especialización en Docencia y la Maestría en Investigación Educativa. Adicionalmente, obtienen el nivel 1 de evaluación de los CIEES, los programas de la Licenciatura en Educación, la Especialización y la Maestría, así como el ingreso al Padrón Nacional de Posgrados del CONACYT. Ese mismo año, se crean las Maestrías en Administración de Organizaciones Educativas en colaboración con la Universidad de Paris XII, la Maestría en Innovación Educativa y la Maestría en Orientación y Consejo Educativo.

El Plan de Desarrollo Institucional (2010-2020) de la Universidad de Yucatán, plantea como objetivos, contar con una oferta educativa amplia, diversificada y socialmente pertinente del nivel medio superior y superior, impartiendo cursos bajo la modalidad presencial, no presencial y mixta, reconocida por su buena calidad por los esquemas y procedimientos nacionales, y, en su caso, internacionales de evaluación y acreditación.

Estos planteamientos constituyen el marco de referencia dentro del cual se van desarrollando los objetivos de los diferentes niveles académicos que conforman el currículum de la Facultad de Educación.

Los funcionarios que han dirigido la institución desde sus inicios son: el Dr. Carlos Evia Rosado primero como Coordinador de la Comisión de Planeación y Fomento Académico, luego de la Comisión de Planeación y Desarrollo Académico y posteriormente como Director del Centro de Desarrollo Universitario (1977 - 1983), la Ing. Julia María González Cervera, como directora del Centro de Desarrollo Universitario (1984), y la primera directora de la recién constituida Facultad de Educación (1984-1987), el segundo director fue el Ing. Fernando Vera Abad, (1987-1991) y en 1991 a 1998 la Lic. Silvia J. Pech Campos, la Mtra. Zulema M. Aguilar Soberanis (1998-2002), Mtra. en Educ. Sup. María Elena Barrera Bustillos (2002-2010), la Mtra. en Psic. Hum. Gladys Julieta Guerrero Walker (2011-2018) y actualmente el Dr. Pedro José Canto Herrera.